Esta duodécima película basada en Pokémon ha sido dirigida por Kunihiko Yuyama. Los seiyū más importantes para esta película son Rika Matsumoto como Ash, Ikue Ohtani como Pikachu, Yuji Ueda como Brock, Megumi Toyoguchi como Maya, Inuko Inuyama como Meowth, Shinichirō Miki como James y Megumi Hayashibara como Jessie.
Cientos de años atrás, Arceus evitó el impacto en la Tierra de un meteorito, salvando así a humanos y pokémon, y quedando gravemente herido. Un humano cuidó de él hasta que mejoró, y como muestra de gratitud le concedió a él y a Pueblo Miichina la posesión temporal de la Joya de la Vida para que prosperasen felizmente. Cuando llegó la fecha, no se le devolvió la joya a Arceus, lo que provocó que el pokémon entrase en un profundo sueño. Se dice que cuando Arceus vuelva a despertar, la ira de la traición le hará juzgar a toda la raza humana.
Ash y sus amigos llegan a Pueblo Miichina para observar unas misteriosas ruinas situadas junto al lago, pero un tornado aparece y engulle a alguno de los pokémon de Ash. En medio de la confusión, una chica aparece y, bajo oraciones, consigue invocar a Dialga para que rescate a estos pokémon. La chica invitará después a los protagonistas a conocer las ruinas, mientras les explica la ley del Espacio-Tiempo, y cómo Dialga, Palkia y Giratina están conectados a ella. Asimismo, la muchacha tiene la misión de entregar la Joya de la Vida a Arceus justo cuando despierte, para evitar así el juicio al planeta.
I'm late late late
